Les Verts neuchâtelois sont dirigés par une présidence, composée par un-e président-e, épaulé-e par une vice-présidence ou une co-présidence.
Le Bureau cantonal gère les questions liées à l’organisation administrative et financière du parti. Il se réunit en principe deux fois par mois.
Le Comité cantonal a pour mission de prendre position sur les questions politiques liées au parti. Il se réunit une fois par mois.
Les Verts neuchâtelois emploient deux secrétaires à temps partiel.